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### Messages - Jürgen Becker

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##### Property prediction (-Dict modules) / Re: Einstein's formula - Knudsen Diffusion (DiffuDict)
« on: March 14, 2024, 10:36:45 AM »
Hi,

the first formula ((16) of DiffuDict 2023 User Guide) is used to compute the 3x3 diffusivity matrix from a set of tracked molecules. For every molecule we have a start point $$x_0$$ and an end point $$x_t$$ and we can use this set  to compute the diffusivity by:
$D=\frac{E((x_t-x_0)(x_t-x_0)^T)}{2t}$
The 3D geometry and the velocity are an input for the simulation in this case.

Your second formula is actually formula (17) of the DiffuDict 2023 User Guide:
$d_0=\frac{1}{3}L\bar{v}$
where our char. Length L is your d, and the mean thermal velocity is
$\bar{v}=\sqrt{\frac{8RT}{\pi M_A}}$
(which is also formula (26) of the User Guide). This computes the one-dimensional diffusivity of a cylindrical pore and neglects all 3D effects that a more complex structure may show. However, by assuming that there is some characteristic length L of the 3D structure, one can use the value $$d_0$$ as a scaling factor for the diffusivity computed with Einsteins formula, and then one gets a dimensionless 3x3 diffusivity $$D^{\ast}$$ that is independent from the diffusing species.  This is then formula (18) of the User Guide:
$D=d_0\cdot D^{\ast}$
The $$D^{\ast}$$ could be understood as the three-dimensional pore shape factor that is missing in your cylindrical pore formula.

However, if you have a look at page 38 of the DiffuDict 2023 User Guide, you can see that if you enter GeoDict with a single cylindrical pore structure, you get exactly the result from your second formula in the pore direction (and 0 in all other directions).

Best regards.

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##### Property prediction (-Dict modules) / Re: Regarding how to create a macro for calculations with varying temperatures
« on: September 29, 2021, 08:53:53 AM »
Hi Tetsuo,

as a remark: In GeoDict 2022, it will be possible to access the SetTemperature command also through the context menu of the Status section (right click on the Constituent Materials entry). So it will be possible to record it in a macro, too.

Regards,
Jürgen

3
##### Property prediction (-Dict modules) / Re: Regarding how to create a macro for calculations with varying temperatures
« on: September 27, 2021, 05:17:00 PM »
Dear Tetsuo,
there exists a command that let's you change the temperature, it's syntax is fairly simple:

Code: [Select]
SetTemperature_args = {  'Temperature' : (293.15, 'K'),  }gd.runCmd("GeoDict:SetTemperature", SetTemperature_args, "2021")It changes the temperate in the current constituent material settings. When using this command in a macro, you have to be aware that most commands (e.g. in FlowDict) contain their own set of material parameters. Therefore, after changing the temperature, it will be changed in the active settings, but not in the recorded command. So you have to take the active settings with

Code: [Select]
gd.getConstituentMaterials( "2021" )
and insert these constituent materials in the parameter list of the FlowDict command, before calling the flow solver.

The following macro gives an example how this can be done:

Code: [Select]
Header =  {  'Release' : '2021',  }Description = '''Compute flow for different temperatures.'''def createBaseGeo():    Create_args_1 = {      'Domain' : {        'PeriodicX'         : False,        'PeriodicY'         : False,        'PeriodicZ'         : False,        'OriginX'           : (0, 'm'),        'OriginY'           : (0, 'm'),        'OriginZ'           : (0, 'm'),        'VoxelLength'       : (1e-06, 'm'),        'DomainMode'        : 'VoxelNumber',   # Possible values: VoxelNumber, Length, VoxelNumberAndLength        'NX'                : 100,        'NY'                : 100,        'NZ'                : 100,        'Material' : {          'Name'        : 'Air',          'Type'        : 'Fluid', # Possible values: Fluid, Solid, Porous, Undefined          'Information' : '',          },        'OverlapMode'       : 'GivenMaterial', # Possible values: OverlapMaterial, NewMaterial, OldMaterial, GivenMaterial        'OverlapMaterialID' : 3,        'NumOverlapRules'   : 2,        'OverlapRule1' : {          'MaterialID1'       : 1,          'MaterialID2'       : 1,          'OverlapMaterialID' : 1,          },        'OverlapRule2' : {          'MaterialID1'       : 2,          'MaterialID2'       : 2,          'OverlapMaterialID' : 2,          },        'HollowMaterialID'  : 0,        'PostProcessing' : {          'ResolveOverlap'    : False,          'MarkContactVoxels' : False,          'ContactMaterialID' : 3,          },        },      'MaximalTime'              : (24, 'h'),      'OverlapMode'              : 'AllowOverlap', # Possible values: AllowOverlap, RemoveOverlap, ForceConnection, IsolationDistance, ProhibitWithExisting, ProhibitOverlap, MatchSVFDistribution      'StoppingCriterion'        : 'SolidVolumePercentage',# Possible values: SolidVolumePercentage, NumberOfObjects, Grammage, Density, WeightPercentage, FillToRim, SVP, Number      'NumberOfObjects'          : 100,      'SolidVolumePercentage'    : (10, '%'),      'Grammage'                 : (10, 'g/m^2'),      'Density'                  : (0, 'g/cm^3'),      'WeightPercentage'         : (0, '%'),      'SaveGadStep'              : 10,      'RecordIntermediateResult' : False,      'InExisting'               : False,      'KeepStructure'            : False,      'MatchSVFDistribution' : {        'ErrorBound'         : 0.001,        'CoarseningFactor'   : 10,        'MatchMode'          : 'Gauss',      # Possible values: Gauss, Gradient        'RelativeDensity'    : True,        'DensityFunction' : {          'XValues' : [0, 0.5, 1],          'YValues' : [1, 0.1, 1],          },        'CorrelationLengthX' : (2e-05, 'm'),        'CorrelationLengthY' : (2e-05, 'm'),        'CorrelationLengthZ' : (1e-05, 'm'),        'StandardDeviation'  : 0.5,        },      'RemoveOverlap' : {        'Iterations'        : 1000,        'OverlapSVP'        : (0, '%'),        'SVPUnchanged'      : 20,        'AllowShift'        : True,        'AllowRotation'     : True,        'AllowDeformation'  : True,        'NumberOfShifts'    : 10,        'ShiftDistance'     : (2, 'Voxel'),        'NumberOfRotations' : 20,        'MaximalAngle'      : 60,        'DistanceMode'      : 'Touch',      # Possible values: Touch, Overlap, Isolation, AvoidContact        'IsolationDistance' : (0, 'm'),        'MaximalOverlap'    : (0, 'm'),        },      'IsolationDistance'        : (0, 'm'),      'PercentageType'           : 0,      'RandomSeed'               : 47,      'ResultFileName'           : 'FiberGeo.gdr',      'MatrixDensity'            : (0, 'g/cm^3'),      'MaterialMode'             : 'Material',     # Possible values: Material, MaterialID      'MaterialIDMode'           : 'MaterialIDPerObjectType',# Possible values: MaterialIDPerObjectType, MaterialIDPerMaterial      'OverlapMaterial' : {        'Name'        : 'Glass',        'Type'        : 'Solid',   # Possible values: Fluid, Solid, Porous, Undefined        'Information' : 'Overlap',        },      'ContactMaterial' : {        'Name'        : 'Glass',        'Type'        : 'Solid',   # Possible values: Fluid, Solid, Porous, Undefined        'Information' : 'Contact',        },      'NumberOfGenerators'       : 2,      'Generator1' : {        'Material' : {          'Name'        : 'Glass',          'Type'        : 'Solid', # Possible values: Fluid, Solid, Porous, Undefined          'Information' : 'Fiber',          },        'Probability'             : 0.5,        'SpecificWeight'          : (2.58, 'g/cm^3'),        'Type'                    : 'InfiniteCircularFiberGenerator',        'UseDTex'                 : False,        'DiameterDistribution' : {          'Type'  : 'Constant', # Possible values: Constant, UniformlyInInterval, Gaussian, Table, LogNormal          'Value' : 1e-05,          },        'OrientationDistribution' : {          'Type'          : 'AnisotropicDirection',# Possible values: Isotropic, AnisotropicDirection, AnisotropicOrientation, GivenDirection, InXYPlane, AngleAroundDirection, UNDEF          'DirectionMode' : 'AnisotropyParameter',# Possible values: AnisotropyParameter, DirectionTensor          'Anisotropy1'   : 7,          'Anisotropy2'   : 1,          'Phi'           : 0,          'Theta'         : 0,          'Psi'           : 0,          },        },      'Generator2' : {        'Material' : {          'Name'        : 'Glass',          'Type'        : 'Solid', # Possible values: Fluid, Solid, Porous, Undefined          'Information' : 'Fiber',          },        'Probability'             : 0.5,        'SpecificWeight'          : (2.58, 'g/cm^3'),        'Type'                    : 'InfiniteCircularFiberGenerator',        'UseDTex'                 : False,        'DiameterDistribution' : {          'Type'  : 'Constant', # Possible values: Constant, UniformlyInInterval, Gaussian, Table, LogNormal          'Value' : 6e-06,          },        'OrientationDistribution' : {          'Type'          : 'AnisotropicDirection',# Possible values: Isotropic, AnisotropicDirection, AnisotropicOrientation, GivenDirection, InXYPlane, AngleAroundDirection, UNDEF          'DirectionMode' : 'AnisotropyParameter',# Possible values: AnisotropyParameter, DirectionTensor          'Anisotropy1'   : 5,          'Anisotropy2'   : 1,          'Phi'           : 0,          'Theta'         : 0,          'Psi'           : 0,          },        },      'Temperature'              : (293.15, 'K'),      }    gd.runCmd("FiberGeo:Create", Create_args_1, Header['Release'])def getConstituentMaterials(temp):    SetTemperature_args_1 = {      'Temperature' : (273.15+temp, 'K'),      }    gd.runCmd("GeoDict:SetTemperature", SetTemperature_args_1, Header['Release'])    coMatDict = gd.getConstituentMaterials( Header['Release'] )    coMatDict['ChosenFluid'] = {      'Fluid' : 'Air',      }    return coMatDictdef getStokesPara(coMatDict, temp):    SolveStokesDict = {      'ResultFileName'       : 'StokesResult_T' + str(temp) + '.gdr',      'ConstituentMaterials' : {},      'SolverData' : {        'DirectionEnabledX'  : 0,        'DirectionEnabledY'  : 0,        'DirectionEnabledZ'  : 1,        'CharLengthMode'     : 'PERMEABILITY', # Possible values: PERMEABILITY, PORE_SIZE, FIBER_SIZE, USER_GIVEN        'GivenCharLength'    : 1,        'PressureDifference' : (0.02, 'Pa'),        'MeanVelocity'       : (0.1, 'm/s'),        'FlowRate'           : (60, 'l/min'),        'FlowArea'           : (100, 'cm^2'),        'ExperimentIO'       : 'PressureDrop',        'AddInletOutlet'     : True,        'InletLength'        : 10,        'OutletLength'       : 10,        'SlipLength'         : 0,        'NormalBcType'       : 'Periodic',        'TangentialBcYInX'   : 'Periodic',        'TangentialBcZInX'   : 'Periodic',        'TangentialBcXInY'   : 'Periodic',        'TangentialBcZInY'   : 'Periodic',        'TangentialBcXInZ'   : 'Periodic',        'TangentialBcYInZ'   : 'Periodic',        'Parallelization' : {          'Mode' : 'LOCAL_MAX', # Possible values: Sequential, LOCAL_THREADS, LOCAL_MPI, LOCAL_MAX, CLUSTER, Undefined          },        'DiscardTemporaryFiles'   : False,        'AnalyzeGeometry'         : True,        'Restart'                 : 0,        'RestartFileName'         : '',        'RestartSaveIntervalTime' : 6,        'UseTolerance'            : False,        'Tolerance'               : 0.0001,        'UseErrorBound'           : True,        'ErrorBound'              : 0.01,        'MaxNumberOfIterations'   : 100000,        'MaximalSolverRunTime'    : (240, 'h'),        'UseMaxIterations'        : False,        'UseMaxTime'              : False,        'UseLateral'              : False,        'UseMultigrid'            : True,        'Optimization'            : 'Speed',        'GridType'                : 'LIR-Tree',        'Relaxation'              : 1,        'Refinement'              : 'ENABLED',   # Possible values: ENABLED, DISABLED, MANUAL        'WriteCompressedFields'   : True,        },      }    SolveStokesDict['ConstituentMaterials'] = coMatDict;    return SolveStokesDict# start maincreateBaseGeo()temp = 20.0 # Celsiusgd.runCmd( "FlowDict:SolveLIRStokes", getStokesPara( getConstituentMaterials( temp ), temp ), Header['Release'] )temp = 50.0 # Celsiusgd.runCmd( "FlowDict:SolveLIRStokes", getStokesPara( getConstituentMaterials( temp ), temp ), Header['Release'] )

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